طراحی داروهای ضد سرطان با عوارض جانبی کمتر با استفاده از خدمات مرکز پردازش سریع دانشگاه صنعتی شریف
تاکنون شواهد زیادی از موفقیت طراحی دارویی با روش‌های شیمی محاسباتی ارائه شده است که نشان می‌دهند محاسبات کامپیوتری در زمینه توسعه دارو نقش مهمی را در حال حاضر ایفا می‌کند. طراحی اولیه ساختارهای دارویی با روش‌های محاسباتی برای مهار گونه‌های سرطان‌زا، در حقیقت روشی است که مسیر رسیدن به یک ماده دارویی را تسهیل می‌کند. برای مثال، توسعه روش‌های دینامیک مولکولی که امکان مطالعه رفتار پروتئین‌هایی که در فرآیند متاستاز تومورها در بیماری سرطان نقش دارند از جمله کاربردهای روش‌های شیمی محاسباتی هستند. اما چون در برهم‌کنش های پروتئین‌ها و داروها، تاشدگی پروتئین‌ها، که در آن ساختار سه‌بعدی پلی‌پپتیدهای سازندۀ پروتئین دچار تغییر می‌شود، و این فرایند تاشدگی پروتئین در زمانی در حدود میلی ثانیه تا میکرو ثانیه انجام می‌شود، به منظور مطالعه رفتار پروتئین‌ها و برهم‌کنش آن‌ها با استفاده از شبیه‌‌سازی‌های مولکولی نیاز به انجام بیش از هزاران واحد محاسباتی GPU و هزاران ساعت انجام محاسبات کامپیوتری مبتنی بر CPU می‌باشد. گروه تحقیقاتی آزمایشگاه شیمی فیزیک آلی دانشکده شیمی دانشگاه صنعتی شریف که بر روی مطالعات کامپیوتری در زمینه طراحی ساختارهای دارویی جدید ضد سرطان با خواص اثر‌بخشی بهبود یافته و عوارض جانبی کمتر در مقایسه با داروهای موجود در بازار و قدیمی ضدسرطان متمرکز است، تاکنون بخش عمده‌ای از کارهای پردازشی و محاسباتی گروه تحقیقاتی خود را بر روی سامانه پردازش سریع دانشگاه صنعتی شریف به مرحله اجرا در آورده است. هم چنین این گروه علاوه بر انجام پروژه های طراحی داروهای ضد سرطان در زمینه طراحی مهارکننده هایی برای ویروس کرونا و هم چنین انجام پروژه های موفق در زمینه بررسی تغییرات ساختاری باز‌‌های DNA در هنگام جهش‌های ژنتیکی از طریق محاسبات کامپیوتری پرداخته است. اکثر پروژه‌های تحقیقاتی این گروه در حال حاضر مبتنی بر خدمات پردازش سریع مرکز HPC دانشگاه صنعتی شریف است.