رمزگشایی از مکانیزمهای مولکولی در مقیاس نانو
توسعه سیستمهای دارورسانی هوشمند نیازمند درک دقیق تعاملات در مقیاس اتمی است. در مقاله اخیر تیم پژوهشی دکتر اجتهادی و شادی رهنما با عنوان “Molecular insight into the efficient & robust design of vesiculated protein nano-cages”، مکانیزم پیچیده تشکیل نانو–قفسهای پروتئینی (PNCs) بررسی شده است. این ساختارها که عملکردی مشابه ویروسها در ورود به سلول دارند، آینده ایمنیدرمانی و انتقال دارو را دگرگون خواهند کرد.
چرا حضور مرکز پردازش سریع شریف حیاتی بود؟
مدلسازی این ساختارها به دلیل ابعاد بزرگ و بازههای زمانی طولانی، نیازمند شبیهسازیهای ترکیبی دینامیک مولکولی (MD) در دو سطح «تماماتمی» و «دانه درشت» (Martini Coarse-graining) بود. اجرای چنین محاسبات سنگینی که شامل هزاران اتم و برهمکنشهای الکترواستاتیک پیچیده است، تنها با تکیه بر منابع پردازشی با کارایی بالا امکانپذیر است.
استفاده از گرنت محاسباتی مرکز HPC شریف به محققان این امکان را داد تا:
قدردانی از زیرساختهای ملی
نویسندگان این مقاله در بخشی از گزارش علمی خود، ضمن قدردانی ویژه از حمایتهای مرکز HPC دانشگاه صنعتی شریف، بر نقش بیبدیل این مرکز در بومیسازی پژوهشهای تراز اول جهان تاکید کردند. این همکاری نشاندهنده آن است که ترکیب «دانش تخصصی» و «زیرساخت مدرن»، کلید موفقیت در عرصههای بینالمللی است.
